O jogo começa com Nova York destruída e tomada pelo caos e pelos simbiotes, essa 1ª parte será apenas para instruções do jogo, após completada, o jogo voltará no tempo para que o jogador saiba porque tudo aquilo estava acontecendo. 4 dias atrás, tudo estava perfeitamente normal no dia-a-dia do Homem-Aranha, nada de mais estava acontecendo do que ladrões perturbando a vizinhança, robôs destruíndo a cidade e super-vilões tentando matarem o Aranha, até ao dia em que pessoas começaram a se comportar de forma estranha, como subir paredes, ter a agilidade corporal muito desenvolvida e infetando outras pessoas.
